近年全國各級學校面臨少子化危機，媒體更經常點名經費赤字學校，然崑山科技大學因積極爭取教育部與產官學研合作經費，不僅逐年增加「可用資金」，總收入優於各校，歷年均能有資金結餘，截自111年度，總資產更已累積近百億，年年均能提撥經費更新學校軟硬體設施，維持招生優勢，並屢獲教育部肯定其績效，挹注經費支持辦學。
 
根據自由時報於8月21日引用教育部大專校院校務資訊公開平台最新財報，報導披露多所私校收支餘絀呈現負數，因而呈現虧損。崑山科大今（22日）嚴正澄清，為提供學生教學環境優良，學校投入逾20億元建置良好建築物及購置最新具業界接軌的實務教學設備，94學年更建置教學研究大樓、圖書資訊館，故折舊攤銷金額稍大，故在收支餘絀表上之本期餘絀上略有負數。然而，該校109學年財務報表所列「賸餘款權益基金」餘額有12.6億，校務營運績效卓越，並未有實質上收支不平衡之問題，且銀行存款逐年增加，可用資金自103學年的2.5億，109學年已成長至8.5億元，財務穩健，並無任何虧損情形。
 
李天祥校長說明，私校賸餘款依法於教育部每年核備決算書後，全額轉入「賸餘款權益基金」，若要故評估私校的資金面，應引用「賸餘款權益基金」才正確，而非「累積餘絀」。109年10月19日自由時報便以「教部公布私校赤字？竟是累積餘絀算法太特別」一文，來說明大專院校使用「累積餘絀」來評斷財務狀況，會使人誤解。

前教育部會計處長林秀敏更在該則報導證實：「學校會計項目與一般公司行號或政府機關不太一樣，主要是私校法最初就要求「保本」精神，私校當年度賸餘，必須轉存入非指定用途的權益基金中（意指統計上沒賺到錢），避免私校任意挪用，要支用需經教育部同意，然而若當年度私校短絀，就會留下統計，故累積餘絀會呈現負數，但實際上私校並無虧損。」並坦言未來將追溯並修正統計項目與說明，加註權益基金等，讓私校財務公開更加貼近實況。
 
崑山科技大學創立逾57年，培育15萬多名畢業校友跨足各大產業，《遠見雜誌》調查2021企業最愛私立科大，該校大幅成長進步，躍升中部以南第2名。根據104人力銀行2021年11月調查，該校逾8成6畢業生平均月薪高於3萬元，逾5成畢業生高於4萬元，為中南部私立科大第一，足證明本校畢業生是企業愛用人才！。《遠見雜誌》公佈的2022企業最愛大學生排行，該校名列觀光休閒類，私立科大排行第1名。這是全校教職員工生共同努力的成果，相信崑山科大會愈來愈好。

李天祥校長再次說明，崑山科大過去連續12年榮獲教育部教學卓越計畫、連續5年榮獲典範科大計畫，自107年高教深耕計畫推動以來，5年來共獲得教育部9.61億的高額補助，總經費便榮登全國私立科大最高，使得每位學生平均受益度蟬聯私立科大全國第一。即便面臨少子化，仍能爭取政府機關補助、承接產學研究計畫、辦理推廣教育、對外募款等，近2年來均維持佔總收入近5成，辦學成效優良皆獲得各界肯定，因此能年年更新學習設備與校內實習場域，為企業打造優質人才。
 
不僅如此，崑山科大為減輕學生負擔及協助學生安心就學，歷年投入學生獎助學金支出均超過1億元，也連續多年凍漲學雜費，維持雲嘉南區私立科大學雜費最低的招生優勢，更建置「車用零組件生產自動化之類產業環境工廠」、「國際咖啡認證中心」、「時尚藝廊」、「烘焙類產線」等12間類產線基地與教學場域，啟動全國第一座「智慧綠能環控實踐基地」等，若非辦學基金健全，實難以負擔建置教學場域之經費。